Отец Гариф Исмагилов хотел, чтобы сын стал лесоводом. Вместе с отцом и братьями Загир работал в лесу, с детских лет привыкал к нелегкому труду: валил сосны, рубил сучья, заготовлял дранку. После окончания Инзерского лесохимического техникума работал в Белорецком леспромхозе техником-таксатором.
- Я не знаю, каким я был таксатором, плохим или хорошим, но я любил лес и не представлял, что могут быть на земле еще какие-то другие специальности. Бывая в лесу, я находил тростинку, вырезал себе курай и играл. Конечно, на слух, часто импровизируя, сочинял какие-то свои мелодии. Где-то уже тогда, в 15-17 лет, во мне рождался музыкант, хотя я этого не сознавал. Первыми слушателями были мои односельчане. Не скрою, мне приятны были их похвалы, но я даже не помышлял быть профессиональным артистом или музыкантом.
В Уфе, обучаясь музыке, работая одновременно кураистом и общаясь с известными башкирскими актерами, Загир Исмагилов как никогда остро почувствовал необходимость музыкального образования. Очередной поворот в судьбе наступил, когда его на улице остановил уже признанный тогда певец и композитор Газиз Альмухаметов. Оказалось, что тот запомнил игру Загира в театре и предложил выступать вместе. Будущему композитору Исмагилову едва исполнилось 18. Парень почти год добивался внимания столичных педагогов игрой на курае, пока в 1938-м «вольнослушатель» не стал студентом башкирской студии при Московской государственной консерватории имени Чайковского.
Дипломной работой Загира Исмагилова при окончании Московской консерватории стала опера "Салават Юлаев", первая национальная героическая опера. Свой интерес к оперному жанру Загир Исмагилов объяснял так:
- Опера - это философия. Исторически опера выражала общезначимые, монументальные философские идеи. Меня привлекает опера и разнообразием форм: симфонические эпизоды, хоры, арии, ансамбли, речитативы. Они позволяют писать о судьбе Родины, народа, раскрыть душу человека, его мысли, психологические состояния.
Одна за другой выходят оперы «Шаура», «Волны Агидели», «Послы Урала», «Акмулла», «Алмакай». Своим творчеством Загир Исмагилов создал целый пласт музыкальной культуры Башкирии, открыл широчайшие возможности оперного жанра. И все это – на основе башкирской национальной музыки. Композитор выступал продолжателем музыкально-стилистических традиций романтизма, господствующей в его творчестве стала сфера лирической экспрессии в самых различных своих проявлениях. Музыкально-стилистической основой стал башкирский фольклор, определивший песенно-вокальную природу его творчества.
С 1958 года Исмагилов избирается председателем Союза композиторов Башкирии, позже – Председателем Верховного Совета Башкортостана, также он возглавил открывшийся благодаря его усилиям Башкирский государственный институт искусств.
Композитор ушел из жизни 30 мая 2003 года в Уфе после продолжительной болезни. Его именем названа улица в Уфе, установлен памятник в сквере рядом с Башкирским государственным театром оперы и балета, действует дом-музей в родном ауле, открытый еще при жизни. Имя Загира Исмагилова также носит Уфимская Академия Искусств.