Из-за несоответствия содержания и качества подготовки обучающихся частично, то есть пока только по некоторым программам, лишен государственной аккредитации Уфимский институт путей сообщения (филиал ФГБОУ ВО «Самарский государственный университет путей сообщения») по специальности «Экономика и управление» (бакалавриат), а так же ГАОУ ВО «Набережночелнинский государственный торгово-технологический институт» по той же специальности (бакалавриат, специалитет), а также по специальности «Сфера обслуживания» (бакалавриат) и «Гуманитарные науки» (специалитет).
Полность лишены госаккредитации по этой же причине ЧОУ ВО «Санкт-Петербургский медико-социальный институт», ОАНО ВО «Институт управления», ЧОУ ВО «Невский институт языка и культуры», НОУ ВПО «Институт международных отношений».
Стоит напомнить, что наличие у вуза свидетельства о государственной аккредитации подтверждает соответствие деятельности высшего учебного заведения федеральным государственным образовательным стандартам. В случае лишения государственной аккредитации, вуз по-прежнему может вести образовательную деятельность и выдавать документы собственного образца. При этом он не может выдавать дипломы Минобрнауки России и гарантировать обучающимся отсрочку от службы в армии по призыву.