Реализацией программ по развитию исламского образования и профилактике экстремизма БГПУ занимается с 2008 года совместно с ЦДУМ РФ, ДУМ РБ, при поддержке Совета по государственно-конфессиональным отношениям при Главе Башкортостана. Основной вуз-партнер — Российский исламский университет. Специалисты по истории и культуре ислама, теологии, культурологии, педагогике, философии, социологии и другим гуманитарным наукам из разных вузов и научных учреждений республики объединены вокруг проекта и выполняют важную задачу по сохранению межконфессионального согласия в республике.