Комиссия Всемирного антидопингового агентства (WADA) в ноябре 2015 года рекомендовала за нарушения антидопинговых правил перед Олимпийскими играми 2012 года, которые были сокрыты Международной ассоциацией легкоатлетических федераций (IAAF) и Российским антидопинговым агентством (РУСАДА), пожизненно отстранить ряд российских легкоатлетов, включая Савинову. Позже IAAF направила допинговые дела на рассмотрение CAS.
Согласно решению CAS, все результаты, достигнутые Савиновой с 26 июля 2010 года по 19 августа 2013 года, аннулированы, также она лишена медалей, призов, премий и денежных средств, полученных за данный период времени.
Таким образом, Савинова лишена золотых наград Олимпиады-2012, чемпионата мира-2011, чемпионата Европы (две — 2010, 2011), а также серебра чемпионата мира-2013.
Мария Савинова-Фарносова, по словам ее тренера Владимира Казарина, также отстраненного от работы в легкой атлетике, эмоционально подавлена и удручена, устала от судебных разбирательств.