В обновлённой версии рейтинга БГМУ поднялся с 28 на 24 место среди всех вузов России и вошёл в более высокую интервальную группу международного глобального рейтинга MosIUR — с 801–900 в 2024 году на 701–800 в 2025-м. Среди медицинских вузов страны университет занимает почётное четвёртое место, уступая лишь Сеченовскому университету, ПСПбГМУ имени И.П. Павлова и РНИМУ имени Н.И. Пирогова.
Успех вуза был охарактеризован в Госкомитете по науке и высшему образованию Республики Башкортостан как результат глубоко продуманной стратегии и системной работы всего коллектива. По мнению председателя ведомства Светланы Мустафиной, укрепление позиций БГМУ отражает его развитие не просто как образовательной организации, а как центра, где формируются новые знания, инновации и готовятся кадры высочайшего уровня.
Рейтинг «Три миссии университета» охватывает три ключевых направления деятельности высших учебных заведений: образовательную, научную и социальную. В 2025 году в нём приняли участие 2 000 университетов из 112 стран мира.
Ректор БГМУ, академик РАН, профессор Валентин Павлов подчеркнул, что достигнутые результаты являются логичным итогом реализации программы развития университета и движения к статусу международного исследовательского центра. По его словам, вуз не просто поднялся в рейтингах — он укрепил свою репутацию как конкурентоспособного учреждения на мировом уровне. Реализация стратегии, основанной на интеграции образования, науки, клинической практики и инновационных решений, позволила университету не только ускорить развитие, но и способствовать созданию новых технологий, производств и рабочих мест.
БГМУ демонстрирует устойчивую динамику роста научной активности. За последние годы почти в четыре раза увеличилось число зарегистрированных изобретений. В университете функционируют более 20 научных лабораторий, работающих на переднем крае мировой науки, пять из которых ведут прорывные исследования в рамках Межвузовского кампуса Евразийского научно-образовательного центра. Стартовало строительство Института трансляционной медицины, а также запущена программа научной ординатуры.
В рамках программы «Приоритет-2030» БГМУ реализует три проекта, направленных на технологическое лидерство. При этом наблюдается значительный рост интереса со стороны абитуриентов — число подающих заявления увеличилось на треть.